Sekcja "Konfiguracja" to najbardziej rozbudowana część programu. Jest dostępna wyłącznie dla administratorów. W MegaBIP zastosowano inny układ tych treści, także opcji (możliwości) w programie jest więcej. Należy przyjąć generalną regułę, żeby nie zmieniać niczego, czego nie rozumiemy lub co nie jest rzeczywiście potrzebne. Trzeba tez pamiętać, że niektóre funkcje do prawidłowego działania będą wymagać właściwej konfiguracji - program o tym poinformuje i przypomni.
MegaBIP to program (CMS) do tworzenia i prowadzenia strony podmiotowej BIP. Jest zgodny z przepisami i bezpłatny w podstawowej wersji.